Doktor Nicholas Garrigan ist ein schottischer Mediziner, der in Uganda arbeitet. Indem er versucht den Ugandern zu helfen, findet er im ugandischen Diktator Idi Amin einen Bewunderer. Amin ist von der Einstellung Garrigans beeindruckt und macht ihn sogar zu seinem Leibarzt. Der ist zunächst geschmeichelt, doch die Wirklichkeit holt ihn alsbald ein. Garrigan fühlt sich als ein Komplize bei der barbarischen Unterdrückung der ugandischen Bevölkerung durch Amin und er stellt sich die Frage, ob er Amin überhaupt je lebend entkommen kann.

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...