Der Film dreht sich um das Leben der neunjährigen Liesel Meminger, die kurz vor dem Zweiten Weltkrieg in Deutschland wohnt. Nachdem ihr Bruder bei einem Zugunglück ums Leben kommt, versucht ihre Mutter Liesel in Sicherheit zu bringen, da sie selbst als Kommunistin von den Nazis verfolgt wird. Sie kommt daraufhin bei der einfachen Arbeiterfamilie Hubermann in Molching bei München unter. Diese Familie, die unter der Haustreppe auch einen jüdischen Flüchtling vor den Nazis bei sich versteckt, soll von nun an ihre Pflegefamilie sein. Ihre neue Pflegemutter Rosa ist streng und lässt Liesel hart im Haushalt arbeiten. Ihr Pflegevater Hans kümmert sich jedoch fürsorglich um das traumatisierte Mädchen, das Nacht für Nacht von ihren Erinnerungen geplagt wird und nicht einschlafen kann. Er nutzt ihre wachen Stunden und bringt ihr das Lesen bei. Von ihrer Vergangenheit verfolgt, flüchtet sie sich in die Phantasiewelten gestohlener Bücher.

Im zweiten Weltkrieg lässt Stalin 20.000 polnische Offiziere im Wald von Katyn hinrichten. Die Greueltat wird lange verschwiegen und schließlich werden von sowjetischer Seite die Deutschen beschuldigt. "Katyn" erzählt die Geschichte der Morde gleichermaßen aus Sicht der Offiziere sowie aus der Sicht der daheimgebliebenen Frauen und Familien. Kapitän Andrzej (Artur Zmijewski) gibt die Hoffnung auf eine Befreiung nicht auf, während seine Frau Anna (Maja Ostaszewska) im geteilten Polen auf seine Rückkehr hofft. Die Frau eines Piloten (Magdalena Cielecka) kämpft schließlich dafür, die Wahrheit über die Morde aufzudecken.

Andreas Baader, Ulrike Meinhof und Gudrun Ensslin gründen die RAF - die Rote Armee Fraktion. Im Nachkriegsdeutschland der 70er Jahre kämpfen sie gegen die von ihnen so empfundene "neue Form" des Faschismus: Die amerikanische Politik in Vietnam, im Nahen Osten und der Dritten Welt sowie die führenden Köpfe Deutschlands, die diese Politik unterstützen. Bald schon eskaliert die Situation und es herrscht Krieg innerhalb Deutschlands, der Verletzte und Tote fordert. Die noch junge Demokratie wird auf ihre erste harte Probe gestellt. Durch Hartnäckigkeit von Horst Herold, dem Chef des Bundeskriminalamts, landen die RAF-Köpfe hinter Gittern, jedoch ist die Spirale der Gewalt noch lange nicht durchbrochen.