1871: Der dänische Auswanderer Jon ist überglücklich, dass endlich seine Frau Marie und sein zehn Jahre alter Sohn Kresten zu ihm und seinem Bruder Peter nachziehen. Doch schon kurz nach ihrer Ankunft werden Frau und Kind von Banditen getötet, die daraufhin von Jon erschossen werden. Einer der Toten ist allerdings der kleine Bruder des gefürchteten Bandenanführers Delarue. Der terrorisiert die Gegend, erpresst alle Ortschaften und ist nun auf Rache aus. Im nächstgelegenen Örtchen Black Creek richtet er erst einmal ein paar Bürger hin, um dem Rest klarzumachen, dass man ihm denjenigen, der für den Tod seines Bruders verantwortlich ist, ausliefern muss. Der lokale Sheriff Mallick verhaftet Jon daraufhin und übergibt ihn an Delarue...

Weil die Menschheit die Natur und damit die darin lebenden Fabelwesen zerstört, kündigt Elfenprinz Nuada den seit Ewigkeiten herrschenden Frieden und will die unbesiegbare Goldene Armee in die Schlacht führen. Hellboy und seine Kollegen vom Institut für paranormale Forschung und Verteidigung sind gefordert! Mit Freundin Liz und Fischmensch Abe legt er los. Doch sein Gegner ist unsterblich.

Der Immobilienmakler Jim Evers wollte sich mit seiner Familie auf dem gemeinsamen Ausflug eigentlich nur schnell noch ein Haus ansehen. Als die Evers sich aber dem vermeintlichen Herrenhaus gegenübersehen, erwartet sie eine unheimliche Villa voller düsterer Geheimnisse. Sie treffen nicht nur auf den mysteriösen Eigentümer und seinen Butler, sondern auch auf ein paar ganz und gar nicht irdische Bewohner. Schon bald befinden sich Jim und seine Familie zwischen 999 Geistern, die durch einen geheimnisvollen Fluch an die Villa gebunden sind und nur von den Lebenden erlöst werden können. Somit beginnt eine abenteuerliche Suche nach der Ursache für diesen Fluch, der Geister und Menschen durch das Diesseits und Jenseits führt...