In naher Zukunft hat die Menschheit gewaltige technologische Fortschritte gemacht, aber dennoch ist Major die erste ihrer Art: Sie wurde nach einem schrecklichen Unfall in einen Cyborg mit übermenschlichen Fähigkeiten verwandelt, eine perfekte Waffe im Kampf gegen gefährliche Kriminelle überall auf der Welt. Und so ist Major auch am besten geeignet, gemeinsam mit ihrer Elite-Einsatztruppe Sektion 9 den skrupellosen Cyber-Terroristen Kuze aufzuhalten, dem es gelungen ist, sich in den Verstand von Menschen zu hacken und diese zu kontrollieren. Doch während der Jagd auf Kuze macht sie eine furchtbare Entdeckung: Die Wissenschaftler, die ihr angeblich das Leben gerettet haben, haben ihr in Wahrheit ihr Leben weggenommen. Fortan begibt sich Major auf die Suche nach den Verantwortlichen, um zu verhindern, dass andere dasselbe Schicksal erleiden müssen, und sie versucht gleichzeitig herauszufinden, wer sie vor ihrem Leben als Cyborg war...

In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?