Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Gemeinsam mit Bezirksstaatsanwalt Harvey Dent und Lieutenant James Gordon versucht der im Fledermauskostüm agierende Milliardär Bruce Wayne dem Verbrechen in Gotham City Einhalt zu gebieten. Wie aus dem Nichts taucht plötzlich ein psychotischer Superverbrecher auf - der Joker. In seiner wahnhaften Vision möchte er die Stadt in Chaos und Anarchie stürzen und Batman scheint der einzige, der ihn stoppen kann. Bis es zum endgültigen Show-Down kommt, wird aber viel Blut fließen und auch Menschen die Bruce Wayne nahe stehen, könnten Opfer werden.