Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Die beiden High-School-Abgänger Troy und Gabriella sehen dem Ende ihres Abschlussjahres mit wenig Freude entgegen, da sie auf verschiedene Colleges gehen werden und somit zum ersten Mal seit langem von einander getrennt sein werden. Bevor es aber soweit ist stellen sie gemeinsam mit ihren Freunden von den Wild Cats ein weiteres Musical auf die Beine, in dem sie auch ihre Ängste vor einer ungewissen Zukunft verarbeiten.

Marnie Piper und ihr Bruder Dylan besuchen die Halloweentown University, die auch als Hexenuniversität bezeichnet wird. Zum Lehrplan gehören jedoch Anglistik und Geschichte anstelle der Hexenkunst. Marnie erfährt, dass der Unterrichtsplan geändert wurde, nachdem sie ein Tor zwischen der Fantasiewelt und der normalen Welt öffnete.Piper findet und öffnet eine Schatulle, deren Inhalt, ein Amulett, Macht über andere Menschen verleiht und einst Splendora Cromwell gehörte. Das Amulett wird von Dr. Goodwyn gestohlen, die von Marnie, Dylan und Gwen Cromwell bekämpft wird.