Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...

Im Pazifikkrieg werden die Marines Joe Enders und "Ox" Henderson per Geheimbefehl abgestellt, als eine Art Leibwächter für die Funker Ben Yahzee und Charlie Whitehorse zu fungieren. Die beiden Navajos beherrschen einen speziellen Code, der auf keinen Fall in die Hände der Feinde gelangen darf. Die erbitterten Kämpfe um die Insel Saipan schweissen die Männer zusammen. Und es ist nur eine Frage der Zeit, bis die beiden Beschützer der Code-Sprecher mit einer furchtbaren Frage konfrontiert werden: Würden sie wirklich bis zum Äussersten gehen, um den Code zu schützen?