Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

Der Vater von Molly ist nicht nur FBI-Agent, sondern steckt auch in einer schweren finanziellen Krise. Um ihm in seinem Dilemma zu helfen, heuert die clevere junge Frau ebenfalls beim FBI an und lässt sich in eine Studentenverbindung einschleusen. Dort soll sie mehr Informationen über die Tochter eines ehemaligen Kriminellen sammeln. Doch das Vertrauen der anderen zu gewinnen ist gar nicht so leicht, obendrein muss sie auch noch aufpassen nicht enttarnt zu werten. Zu allem Überfluss ist sie auch nicht die Einzige, die die Gruppe infiltriert, was Molly schon bald vor ein noch schwerwiegenderes Problem stellen könnte ...