Der gefeierte römische Feldherr Maximus wird vom sterbenden Kaiser Marcus Aurelius gebeten, seine Nachfolge anzutreten. Um dies zu verhindern, tötet Aurelius' Sohn seinen Vater und ordnet die Exekution von Maximus und seiner Familie an. Maximus gelingt die Flucht, verwundet wird er von einem Sklavenhändler gefangen genommen und muss sich fortan als Gladiator beweisen. Als Kampfmaschine hat er schließlich nur noch ein Ziel: Rache an seinem Peiniger zu nehmen...

Callum Lynch soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum jedoch, dass hinter der Organisation des Generaldirektors Alan Rikkin die moderne Inkarnation des Templerordens steckt. Die Templer wollen den legendären Apfel Edens finden, um damit den freien Willen der Menschheit zu steuern - und Callum soll ihnen dabei behilflich sein. Mittels einer Maschine durchlebt er die Erinnerungen seines Vorfahren Aguilar de Nerha, einem Assassinen zur Zeit der Spanischen Inquisition. Doch während er in der Vergangenheit seine Mission ausführt, erlernt Callum immer mehr Fähigkeiten, die er in der Gegenwart gegen die Templer einsetzen kann...