Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Zwischen den Separatisten und der galaktischen Republik entflammen die Klonkriege. Als Jabba the Hutts Sohn von einer unbekannten Gruppe Abtrünniger entführt wird, sollen die Jedi-Ritter Anakin Skywalker und Obi-Wan Kenobi ihr Versteck suchen und herausfinden, wer die Hintermänner sind. Yoda stellt Anakin den aufstrebenden Schüler Ahsoka Tano zur Seite. Asajj Ventress, Count Dooku und die Sith wollen indes einen neuen Krieg anzetteln.

Nach drei Jahren nähern sich die Klonkriege endlich dem Ende. Um die Separatisten endgültig zu besiegen, soll Obi-Wan Kenobi ihren Anführer General Grevious und Count Dooku ihrer gerechten Strafe zuführen. Zur Beunruhigung der schwangeren Padme nutzt daheim der endgültig vom Bösen korrumpierte Kanzler Palpatine die Gelegenheit, um den jungen Anakin Skywalker mit Versprechungen von unbegrenzter Macht auf die dunkle Seite zu ziehen. Ratlos und hin- und hergerissen wem er dienen soll, erliegt er geblendet von deren Machtverheißungen, den Versuchungen der dunklen Seite, schwört dem bösen Darth Sidious die Treue und nimmt die Identität von Darth Vader an. Die Sith-Lords beginnen zusammen einen Rachefeldzug, der in der Ermordung der Jedi seinen Anfang nimmt...