Callum Lynch soll wegen Mordes hingerichtet werden, doch kurz bevor das Urteil vollstreckt wird, kommt er im Auftrag der Firma Abstergo Industries in die Einrichtung der Wissenschaftlerin Sophia Rikkin nach Madrid, wo Menschen mit hohem Gewaltpotenzial geheilt werden sollen. Nur wenig später erfährt Callum jedoch, dass hinter der Organisation des Generaldirektors Alan Rikkin die moderne Inkarnation des Templerordens steckt. Die Templer wollen den legendären Apfel Edens finden, um damit den freien Willen der Menschheit zu steuern - und Callum soll ihnen dabei behilflich sein. Mittels einer Maschine durchlebt er die Erinnerungen seines Vorfahren Aguilar de Nerha, einem Assassinen zur Zeit der Spanischen Inquisition. Doch während er in der Vergangenheit seine Mission ausführt, erlernt Callum immer mehr Fähigkeiten, die er in der Gegenwart gegen die Templer einsetzen kann...

In einem der ärmeren Viertel Bostons kommt es zu einem tragischen Vorfall: die 4-jährige Amanda McCready verschwindet spurlos aus der eigenen Wohnung, in der sie mit ihrer drogenabhängigen Mutter Helene wohnt. Diese vernachlässigte sie schon seit geraumer Zeit und auch an diesem Abend vergnügte sie sich mit ihrem Liebhaber Ray in einer Bar, anstatt auf ihr Kind aufzupassen. Amandas Onkel Lionel und seine Frau Beatrice schalten zusätzlich die beiden Privatdetektive Patrick Kenzie und seine Freundin Angie Gennaro ein, die die Polizei, unter der Führung von Jack Doyle, bei der Suche unterstützen sollen. Erst einige Informationen, die Helene Patrick und Angie zukommen lässt, der Polizei aber verschwieg, bringen sie auf eine erste Spur. Gemeinsam mit den Detectives Bressant und Poole verfolgen sie den Drogendealer Cheese, dem Helene und Ray Geld klauten. Allerdings ist das erst der Anfang der Ermittlungen...