Im Zentrum stehen die FBI-Agenten Dana Katherine Scully und Fox William Mulder die unter ihrem Vorgesetzten FBI Assistant Director Walter Skinner mysteriöse Fälle aufklären sollen. Obwohl die Ansichten der wissenschaftlich arbeitenden Scully und des intuitiv ermittelnden Mulder oft weit auseinander gehen, bilden sie ein hervorragendes Team. Gemeinsam ergründen sie paranormale wie auch außerirdische Aktivitäten. Dabei geraten sie immer tiefer in einen Strudel aus Verschwörungen, in dem das FBI und die amerikanische Regierung eine entscheidende Rolle zu spielen scheinen...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...

Will muss regelmäßig nachsitzen, er hat keine Freundin und nicht einmal seine Eltern glauben an ihn. Doch der Schüler hat ein brilliantes Geheimnis: Er kennt sich enorm gut mit Teilchenphysik aus. An dem Tag, an dem ein gewaltiger Sturm das Strom- und Handynetz in Nordamerika lahmlegt, ist plötzlich seine Hilfe gefragt. Es wird schnell klar, dass dies kein gewöhnlicher Tornado ist. Ein interstellarer Sturm aus der Atmosphäre des Jupiter droht die Erde zu zerstören. Kann Will seinen Planeten retten?

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...