Ein Jahr, nachdem eine Gruppe Teenager dem Tod auf ebenso rätselhafte Weise enteilte, wie sie später von jenem wieder eingeholt wurde, droht sich das Geschehen zu wiederholen: nach einer Vorahnung verhindert die junge Kimberly, dass sie selbst, ihre Freunde sowie ein paar weitere Autofahrer auf dem Highway von einem Baumtransport aus dem Leben gerissen werden. Als schon wenige Tage darauf der erste Glückspilz einem seltsamen Unfall erliegt, wird Kimberly mulmig. Sie sucht Hilfe bei der letzten Überlebenden vom Vorjahr.

Die coole Heldentruppe um Leonardo und seine Brüder Raphael, Michelangelo und Donatello stellt sich im neuen Blockbuster-Abenteuer natürlich wieder dem Kampf gegen das Böse: Erzfeind Shredder hetzt den Kultschildkröten seine Kampf-Mutanten Bebop und Rocksteady auf den Panzer. Während sich die Turtles in Topform bringen, um es mit Shredder und seiner neuen Gang aufnehmen zu können, stehen sie plötzlich und ohne Vorwarnung einem viel bösartigeren Gegner gegenüber: dem berühmt-berüchtigten Krang. Doch die vier grünen Helden bekommen Unterstützung von Casey Jones, den nur ein Lächeln von April O'Neil in die Knie zwingen kann. Mit vereinter Turtlepower mischen die sechs ihre Gegner mächtig auf - mit noch mehr Witz, Coolness und spektakulären Action-Szenen.