In einem unterirdischen Forschungskomplex, mitten von L.A forscht die Triassic Corporation an genetisch gezüchteten Organersatzteilen.Der gesamte Komplex isst streng geheim und militärisch abgeriegelt.In Zukunft, so die Hoffnung, sollen die Forschungen das Leben der Menschen verlängern. Grundlage der Forschung sind dabei die genetischen Codes von längst ausgestorbenen Raubsauriern, mit zellregenerierenden Eigenschaften. Diese wurden bereits erfolgreich geklont und untergebracht.Bei einer Führung entkommen jedoch die Raubsaurier aus den Labors und die gesamte Anlage wird hermetisch abgeriegelt. Die Eingeschlossenen müssen sich nun den fast unzerstörbaren Supersauriern entgegenstellen.

In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?