Nach vielen Jahren kehrt Phillip Van Horn in die kleine US-Stadt Cuba zurück. Dort hält man ihn für einen erfolgreichen Schauspieler. Mit Schrecken erkennt er, daß nicht nur er gescheitert ist, sondern auch die Menschen aus seiner Jugend.

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.