Seit der ersten Stargate-Mission ist mehr als ein Jahr vergangen. Als feindlich gesinnte Außerirdische unerwartet durch das Sternentor in die Militärbasis dringen, wird das streng geheime Stargate-Programm reaktiviert. Col. O'Neill und sein neu zusammengestelltes Team sollen herausfinden, was hinter dem Angriff steckt. Schon bald müssen sie erfahren, dass weitaus mehr Tore existieren und dass im Universum Gefahren lauern, die jede Vorstellung übersteigen.

Der Ex-CIA-Agent Mark Roberts wird verdächtigt, zwei Morde begangen zu haben. Denn U.S. Marshal Sam Gerard hat dessen Fingerabdrücke am Tatort gefunden. Nach seiner Verhaftung soll Roberts nach New York geflogen werden. Doch die Maschine stürzt ab und dem vermeintlichen Mörder gelingt die Flucht. Gemeinsam mit dem Secret-Service-Agenten John Royce jagt Gerard den Häftling quer durch Amerika. Als der Marshal jedoch merkt, dass sein Partner versucht, Roberts zu beseitigen, beginnt er erneut zu recherchieren...