Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.

Mit seinen Mitmenschen kommt der renommierte Primatenforscher Davis Okoye nicht besonders gut zurecht, mit dem Gorilla George hingegen schon. Okoye hat den außergewöhnlich intelligenten Silberrücken aufgezogen, seit dieser ein kleines Affenbaby war. Die beiden verbindet eine tiefe Freundschaft. Doch dann geht eines Tages ein illegales Genexperiment gehörig schief und der eigentlich so sanftmütige George mutiert zu einem gewaltigen, wildgewordenen, riesigen Monster. Auch andere Tiere wurden in wilde Bestien verwandelt und sorgen ebenso wie George für Tod und Zerstörung. Okoye schließt sich mit der Gentechnikerin Dr. Kate Caldwell zusammen, um ein Gegenmittel zu entwickeln, das die Tiere wieder zurückverwandelt. Das ist bei dem ganzen Chaos ziemlich schwierig, zumal auch noch der gerissene Regierungsagent Russell auf Okoye und Dr. Caldwell angesetzt wurde...