400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.

Im neuen Abenteuer gerät Captain Jack Sparrow einmal mehr in große Not, als er auf eine Horde Geister-Piraten trifft, angeführt von Sparrows Nemesis Captain Salazar. Die Untoten sind aus dem Bermuda-Dreieck entkommen, in dem sie gefangen waren, und verfolgen nun nur ein Ziel: Sie wollen alle Piraten töten, zuallererst Jack Sparrow. Dessen einzige Chance liegt nun darin, Poseidons Dreizack zu finden, dessen magische Kräfte die Geister-Piraten erneut bannen können und seinem Besitzer die Kontrolle über die Weltmeere verleihen.