Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Der unbarmherzige König Hyperion führt seine Armee auf einen Feldzug quer durch Griechenland und hinterlässt dabei eine Spur der Verwüstung. Er ist auf der Suche nach einem sagenumwobenen Bogen, mit Hilfe dessen er die verbannten Titanen aus dem Tartarus befreien, sich an den Göttern des Olymps für deren Sturz rächen und die Menschheit für immer zerstören will. Nachdem ein altes Gesetz besagt, dass sich die Götter nicht in das Schicksal der Menschheit einmischen dürfen, wählt Göttervater Zeus den sterblichen Krieger Theseus aus, um gegen Hyperion und die Titanen zu kämpfen. Theseus, der den Mord an seiner Mutter rächen will, zieht schließlich an der Seite der schönen Priesterin Phaedra und seiner Gefolgschaft in den Krieg, um die Menschheit zu retten.