Euphorisiert vom Comeback und den Plänen ihres Managers Fieslinger begeben sich die Muppets auf Europatour. Sie ahnen nicht, dass ihr liebenswerter grüner Anführer durch den gefährlichsten Froschgangster der Welt ersetzt wurde. Während der russische Doppelgänger mit Fieslinger Raubzüge in Europas Metropolen durchführt, landet Kermit im sibirischen Gulag. Doch auch hier findet Kermit neue Freunde, während einige seiner alten von den Muppets zunehmend misstrauisch über den anderen, plötzlich sehr sonderbaren Kermit werden.

Das magische Spielzeuggeschäft "Mr. Magoriums Wunderladen" gehört dem liebenswertverrückten Edward Magorium, der mit seinen fantasievollen Ideen seit 114 Jahren Wunder und Magie in die Herzen der Kinder bringt. Jetzt will Mr. Magorium seinen Spielzeugladen an die junge Molly Mahony übergeben. Doch je näher Mr. Magoriums Abreise rückt, umso mehr verändert sich der Zauberladen. Der einst so bunte und quirlige Ort wird immer grauer und dunkler. Bald liegt es an Molly und dem schüchternen Buchhalter Henry, den Spielzeugladen zu retten und dabei die Magie und den Glauben an sich selbst zu entdecken.